南阳医专马克思主义学院是直属学校党委领导下的二级教学机构，其前身是成立于2006年9月政治理论教学部。马克思主义学院现有一支经验丰富，开拓进取的教学、科研和学习团队，承担着全校思想政治理论课教学任务和思想理论课教师管理工作。现设党政办公室、教学办公室，有“习近平新时代中国特色社会主义思想概论教研室”“毛泽东思想和中国特色社会主义思想概论教研室”“思想道德与法治教研室”“马列主义理论教研室”“形势与政策教研室”“中国近代史纲要教研室”“军事理论教研室”“就业指导教研室”8个教研室。承担着全校《习近平新时代中国特色社会主义思想概论》《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》《马克思主义基本原理》《思想道德与法治》《形势与政策》《中国近代史纲要》《中国共产党简史》《医学伦理学与卫生法规》《军事理论》《大学生就业创业导论》等课程的教学任务。